Villa San Michele fu l'abitazione "aperta al sole e al vento e alle voci del mare" di Axel Munthe, uno dei personaggi più famosi dell'Isola di Capri. Il medico svedese volle costruire la sua dimora isolana in uno dei punti più panoramici di Anacapri, sul versante nord-orientale e a 327 metri di altezza dal livello del mare, proprio dove un tempo sorgeva una villa imperiale romana e una cappella medievale.
Appassionato di archeologia, Axel Munthe comprese le rovine di queste antiche costruzioni nel giardino della villa: una costruzione che si contraddistingue per le sue architetture fantasiose (lo stesso Axel Munthe ne fu l'autore) che vede l'alternarsi di bifore e trifore medievali con i motivi classicheggianti dei capitelli romani. Le sue mura fanno da cornice a una collezione invidiabile di reperti di epoca romana, etrusca ed egizia raccolti durante i tanti viaggi e la permanenza dello studioso sull'Isola di Capri.
Villa San Michele oggi è un museo aperto al pubblico e d'estate ospita la prestigiosa rassegna musicale dei Concerti al Tramonto.